Die Kursphase dient der Vertiefung der methodischen Fähigkeiten und der Vermittlung von Kenntnissen in der gewählten Spezialisierung. Innerhalb der Spezialisierung müssen zwei Pflicht- und mindestens zwei methodologische Wahlfächer absolviert werden. Die Pflichtkurse werden jedes Semester für jede Spezialisierung angeboten. Die Wahlkurse können entweder aus dem Methodenangebot des PMA oder der Global School in Empirical Research Methods (GSERM) gewählt werden oder sie können auch extern gewählt werden. Die Doktoranden schließen die Kursphase mit der Ausarbeitung eines Forschungsvorschlags ab, den sie ihrem Promotionsausschuss vorlegen.
Die Forschungsphase konzentriert sich auf das Verfassen der Dissertation und wird von mindestens zwei Doktorandenkolloquien begleitet, um den Forschungsfortschritt zu diskutieren und neue Erkenntnisse von Kollegen und Fakultätsmitgliedern zu gewinnen. Ein unabhängiges Kolloquium oder ein methodischer Kurs muss ebenfalls entweder während der Kurs- oder der Forschungsphase durchgeführt werden. Methodische Kurse und Kolloquien werden mindestens einmal pro Jahr angeboten. Darüber hinaus können die Studierenden bis zu zwei Kurse oder Seminare für externe Promotionsstudiengänge anrechnen lassen bzw. kompensieren. Die Forschungsphase wird mit der Einreichung der Dissertation bei der Promotionskommission und dem Dissertationsausschuss und ihrer Verteidigung in einer mündlichen, öffentlichen Prüfung durch die Betreuer und Co-Betreuer abgeschlossen.
Das PMA-Programm ist in vier Spezialisierungsbereiche unterteilt. Die Kurs- und Forschungsphase ist für jede Spezialisierung spezifisch, was die eher wissensorientierten Kurse und die Kolloquien betrifft. Was die methodischen Kurse betrifft, so besteht eine große Offenheit für verschiedene methodische Kurse, und die Doktoranden können aus einer ganzen Reihe empirischer, d. h. qualitativer und quantitativer, methodischer Kurse wählen. Dies wurde so konzipiert, dass die spezifischen Bedürfnisse der Doktoranden in ihren Forschungsprojekten unterstützt werden und dass das Forschungsproblem oder die Forschungsfragen den methodischen Standpunkt bestimmen und nicht das disziplinäre Feld.
